Tháng 11 năm 1987, quan hệ lưỡng bờ cải thiện mạnh sau khi chính phủ Đài Loan bắt đầu cho phép công dân thăm đại lục vì lý do gia đình. Tháng 8 năm 1988, Hành chính Viện thành lập Ủy ban Công tác đại lục để xử lý công việc về đại lục của các cơ quan chính phủ. Tháng 4 năm 1990, chính phủ Đài Loan soạn thảo Luật Tổ chức Ban Đại lục để cải thiện mức hiệu quả của việc lập chính sách về đại lục. Ngày 18 tháng 1 năm 1991, đạo luật được Lập pháp Viện thông qua, và ngày 28 tháng 1 cùng năm được Tổng thống Lý Đăng Huy ban hành, chính thức ấn định Ban Đại lục làm cơ quan phụ trách sắp đặt chung và giải quyết công việc về Trung Quốc.[2][3] Năm 2017, Ban Hương Cảng Áo Môn thuộc Ban Đại lục đảm lấy vài chức vụ của Ban Mông Tạng mà lập ra Ban Hương Cảng, Áo Môn, Nội Mông, Tây Tạng được mở rộng.[4]